이 연구의 목적은 필리핀 남부 민다나오에 설치된 무슬림 자치정부의 형성과정을 역사적으로 설명하고, 향후 도전과제를 논하는 것이다. 민다나오 무슬림의 자치정부 형성과정은 곧 그들의 분리독립 운동 및 자치권 확보의 역사였다. 따라서 민다나오 무슬림 자치정부를 이해하기 위해서는 무슬림 자치권을 보장한 평화협정의 배경과 합의 내용에 대한 검토가 선행되어야 한다. 연구에서 핵심적으로 다뤄진 협정은 1976년 트리폴리협정, 1996년 최종평화협정, 2014년 방사모로 포괄적 평화협정이다. 세 평화협정은 민다나오 정치 안정화와 반군의 무장해제를 통한 지역 안보 확보에 목적을 두었다. 그리고 그 해결방안은 무슬림의 자치권 보장과 확대였다. 민다나오무슬림 자치정부 구성은 정치 및 경제적 자결권 측면에서 진보를 일궈냈다. 하지만 평화협정문의 미완결성, 정부의 합의안 이행역량 부족, 이슬람 단체 간 권력 투쟁, 그리고 이슬람 종족 간 불평등 발생 등으로 인해서 ‘자치정부’라는 정치 및 사회적 실험은 실패로 돌아갔다. 한편, 민다나오는 자치권이 더욱 강화된 자치정부를 형성하기로 함으로써 변화의 전기를 맞았다. 새로운 무슬림 자치정부는 의회제를 기반으로 하고, 행정, 입법, 사법적 측면에서 더욱 넓은 자치 권한과 권역을 갖게 했다. 중앙정부는 자치정부의 권한 형성을 위한 제도적 정비를 이뤄냈고, 권력 승계를 위한 전환위원회와 임시정부를 출범시키는 등 실제적인 정치적 변화가 민다나오에 나타나고 있다. 하지만 이러한 정치적 훈풍에도 불구하고, 민다나오는 과거 자치정부에 대한 경험과 반군 활동의 지속 등을 이유로 과연 그것이 성공할 수 있을지에 대한 우려가 있는 것도 사실이다. 따라서 연구에서는 새롭게 형성된 무슬림 자치정부가 성공하기 위해서 필수적으로 검토되어야 하는 현재 상황과 향후 과제를 검토한다.